Po 14 latach Shinji budzi się na pokładzie AAA Wunder należącego do wrogiej NERV-owi organizacji założonej przez byłych członków NERV-u. Shinji słyszy głos Rei dochodzący z przesłanej mu na ratunek EVY-09 i udaje się do NERV-u. Kaworu Nagisa pokazuje Shinjiemu zmienioną ziemię....
Student Takeshi Hongo zostaje uprowadzony przez organizację Shocker, która planuje zmienić go w cyborga. Chłopak ucieka i postanawia wykorzystać nowe zdolności podczas walki z porywaczami.
Czwarty i ostatni film tetralogii. Misato i WILLIE – grupa sprzeciwiająca się działaniom NERV-u – docierają do obecnie czerwonego Paryża. Załoga statku Wunder ląduje na wieży bezpieczeństwa i ma zaledwie 720 sekund na uratowanie miasta. Gdy pojawia się rój Evangelionów NERV-u, Mari...
W tym onirycznym sonicznym doświadczeniu zainspirowanym historią Adama i Ewy anime i film aktorski zostają połączone z muzyką nowatorskiego artysty — Eve.
Jako odpowiedź na nieustające ataki Aniołów do walki przystępuje dwóch nowych pilotów. Jednocześnie Rei i Shinji angażują się w ściśle tajny projekt nadzorowany przez organizację SEELE.
