Szesnasty film o Godzilli i zarazem pierwszy film serii "Heisei". Film nawiązuje do tradycyjnych filmów o Godzilli - działania ludzi z bronią jądrową budzą potwora i prowokują go do ataku na Tokio. Jako tło do zniszczeń czynionych przez Godzillę zobaczymy walkę mocarstw z czasów Zimnej...
Nad Tokio pojawia się olbrzymie UFO - wehikuł czasu z XXIII stulecia. Jego pasażerowie pozostawiają na atolu Bikini trzy małe zwierzątka. Mutacje spowodowane wybuchem bomby wodorowej zmieniają je w wielkiego trójgłowego potwora, zwanego Król Ghidorah. Przybysze z przyszłości żądają...
