Piętnaście lat po Drugim Uderzeniu zobojętniały nastolatek Shinji dołącza do grupy swojego ojca, by walczyć z aniołami. Wszystkich może jednak zniszczyć prawda.
Jako odpowiedź na nieustające ataki Aniołów do walki przystępuje dwóch nowych pilotów. Jednocześnie Rei i Shinji angażują się w ściśle tajny projekt nadzorowany przez organizację SEELE.
Przez świat przetoczyła się nuklearna wojna, która doprowadziła Ziemię do ruiny. Po 50 latach zostały tylko dwa potężne mocarstwa, które toczą ze sobą walki o pozostałe terytoria. Wojny rozstrzygane są w inny niż do tej pory sposób - poprzez starcia robotów sterowanych przez...