To już 20 lat, odkąd Autoboty i Decepticony przebudziły się i wznowiły swą niekończącą się wojnę. Z Cybertronu, rodzimej planety Transformerów, wylatuje statek, na którym znajdują się najwierniejsi kompani Optimusa. Zmierzają oni na Ziemię, do miasta Autobotów, jednak nagle...
Jest to opowieść o jednostce specjalnej amerykańskiej armii, która nosi nazwę G.I. Joe. Organizacja terrorystyczna Cobra-la przejmuje bardzo potężny generator mocy, który musi być odzyskany, gdyż w niepowołanych rękach grozi zagładą ludzkości...